微生物肥料的種類不同，用法也不同。
　　1.液體菌劑的使用方法。
　　(1)種子上的使用。①拌種：播種前將種子浸入10—20倍菌劑稀釋液或用稀釋液噴濕，使種子與液態(tài)生物菌劑充分接觸后再播種。②浸種：菌劑加適量水浸泡種子，撈出晾干，種子露白時播種。
　　(2)幼苗上的使用。①蘸根：液態(tài)菌劑稀釋10—20倍，幼苗移栽前把根部浸入液體沾濕后立即取出即可。②噴根：當幼苗很多時，可將10—20倍稀釋液放入噴筒中噴濕根部即可。
　　(3)生長期的使用。①噴施：在作物生長期內(nèi)可以進行葉面追肥，把液態(tài)菌劑按要求的倍數(shù)稀釋后，選擇陰天無雨的日子或晴天下午以后，均勻噴施在葉子的背面和正面。②灌根：按1：40—100的比例攪勻后按種植行灌根或灌溉果樹根部周圍。
　　2.固體菌劑的使用方法。
　　(1)種子上的使用。①拌種：播種前將種子用清水或小米湯噴濕，拌入固態(tài)菌劑充分混勻，使所有種子外覆有一層固態(tài)生物肥料時便可播種。②浸種：將固態(tài)菌劑浸泡1～2小時后，用浸出液浸種。
　　(2)幼苗上的使用。將固態(tài)菌劑稀釋10—20倍，幼苗移栽前把根部浸入稀釋液中蘸濕后立即取出即可。
　　(3)拌肥。每1000克固態(tài)菌劑與40—60公斤充分腐熟的有機肥混合均勻后使用，可做基肥、追肥和育苗肥用。
　　(4)拌土?？稍谧魑镉鐣r，摻入營養(yǎng)土中充分混勻制作營養(yǎng)缽;也可在果樹等苗木移栽前，混入稀泥漿中蘸根。
　　3.生物有機肥的施用。
　　(1)作基肥。大田作物每畝施用40—120公斤，在春、秋整地時和農(nóng)家肥一起施入;經(jīng)濟作物和設(shè)施栽培作物根據(jù)當?shù)胤N植習(xí)慣可酌情增加用量。
　　(2)作追肥。與化肥相比，生物有機肥的營養(yǎng)全、肥效長，但生物有機肥的肥效比化肥要慢一點。因此，使用生物有機肥做追肥時應(yīng)比化肥提前7—10天，用量可按化肥做追肥的等值投入。（依煙）